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          您是本貼的第 24194 個閱讀者  
        主題:武漢新型病毒的宿主到底是什么?蛇\蝙蝠\鼠\水貂? 2020/1/26 11:37:00  
         牛人
         等級:論壇騎士(三級)
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      1 
      武漢新型病毒的宿主到底是什么?蛇\蝙蝠\鼠\水貂?
           日前,武漢新型冠狀病毒所導致的疫情加劇,國家衛(wèi)健委已經將這種新型肺炎納入乙類傳染病并啟動了甲類防控。在關心如何防控時,人們還在追問這個病毒的溯源動物,即究竟是什么動物傳染給人的?
          
           1月22日,醫(yī)學病毒學雜志《 Journal of Medical Virology 》在線發(fā)表了來自中國北京大學等五個單位的研究人員的題為 “在刺突糖蛋白基因里的重源重組可能加速新發(fā)現的冠狀病毒從蛇到人的跨種傳播(Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human)” 的學術論文。
          
          
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           論文中,作者總結道:“我們用編碼子使用偏向的方法對基因序列的分析結果首次顯示蛇最有可能是武漢新型冠狀病毒的動物宿主 (In summary, results derived from our sequence analysis suggest for the first time that snake is the most likely wildlife animal reservoir for the 2019-nCoV based on their similar codon usage bias. )”
          
          
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           該論文的發(fā)表注定是個吸引眼球的大新聞,因為科學家第一次就此問題給出答案,只是這個答案讓人感到非常意外
          
           大家知道,和其它兩個導致病毒性肺炎的冠狀病毒(SARS和MERS病毒)一樣,武漢新型冠狀病毒的原始宿主也是蝙蝠。但這些病毒很可能不是直接從蝙蝠傳給人的,而是蝙蝠先把病毒傳給一種動物,然后這種動物再把病毒傳給人,這個在中間起到關鍵作用的動物也叫中間宿主。比如,SARS病毒的中間宿主是果子貍,而MERS病毒的中間宿主是駱駝。
          
           大家知道,蝙蝠是哺乳動物,果子貍和駱駝也是哺乳動物,人也同樣是哺乳動物。也就是說,SARS和MERS病毒的傳遞是在哺乳動物之間進行的。但蛇不是哺乳動物,而是爬行類。所以這篇論文提到蛇,的確是一個讓人意外的結論
          
           好比一個人從武漢出發(fā)去北京,如果中間必須轉一次車,他最合理的選擇是在武漢到北京之間的一站,比如鄭州。但如果有人建議他到貴陽去轉車,就會讓人感到意外了。
          
           當然,這并不是說蛇是武漢新型病毒的中間宿主就完全沒有可能。根據誰提出觀點就必須提供充足證據的原則,我們再來具體看看作者是如何證明他們的觀點的。
          
          
           【這項研究做了哪些內容】
          
           這篇文章的結果不復雜,分為三個部分。
          
           第一部分是比較武漢新型冠狀病毒的基因組序列和其它276個哺乳動物冠狀病毒基因序列的關系,目的是看看這個新的病毒和誰的關系最近。結果發(fā)現,武漢新型冠狀病毒的序列和兩種蝙蝠的冠狀病毒的序列最為接近。這一結果在意料之中,大家已經知道其原始宿主是蝙蝠。
          
           在文章結果的第二部分,作者利用 Similarity plot 分析的方法對冠狀病毒的基因序列進行研究,發(fā)現武漢新型病毒有一段基因組發(fā)生了同源重組,而同源重組的對象卻在目前的基因庫里找不到。還有,這段同源重組的區(qū)域就在刺突糖蛋白基因內部。因為刺突糖蛋白是識別宿主細胞受體的關鍵分子,所以作者推測這個未知來源的同源重組可能會對病毒的傳播有影響。
          
           接下來是關鍵的第三部分。在這里作者想調查這個新型病毒的來源,他們采用了同義密碼子使用偏向的分析方法。
          
           為了幫助讀者更好地理解這一點,我需要在這里介紹一下這個方法的原理。大家知道,我們的基因編碼不同的蛋白,從DNA到蛋白中間有一個翻譯的過程。三個DNA堿基編碼一個氨基酸。堿基有A、T、C、G四種,所以三個堿基在一起有64種不同的組合,而氨基酸的數量只有20種左右。所以,經常是幾種不同的三個堿基的組合編碼同一個氨基酸,至于使用哪一種組合并不是隨機的,而是有一定的偏向,這就是同義密碼子使用偏向(synonymous codon usage bias)。而不同的物種,比如人和蛇,他們的同義密碼子偏向是不同的。
          
           從理論上來說,病毒為了更好地在宿主細胞里生存,那么它最好和宿主有著同樣的同義密碼子偏向。所以,對病毒和可能的宿主進行同義密碼子偏向分析,可以為尋找病毒可能的宿主提供依據。
          
           作者就是這么做的,他們分析了蝙蝠冠狀病毒、武漢新型病毒和菜市場可能見到的一些動物(包括蛇、雞、穿山甲、蝙蝠、旱瀨等)以及人的同義密碼子使用偏向。結果發(fā)現與蝙蝠冠狀病毒和武漢新型病毒在同義密碼子使用偏向上最為接近的動物是蛇。于是作者認為蛇最有可能是武漢新型冠狀病毒的宿主。
          
           隨后,作者還留意了用于此分析的兩種蛇的分布情況,發(fā)現他們在中國南方(包括湖北)均有分布。
          
           以上就是作者為他們的結論提供的證據。那么,這些證據能支持作者的 “蛇很可能是武漢冠狀病毒的宿主” 的觀點嗎?
          
          
           【分析方法有問題,文章結論不靠譜】
          
           當然,我也要為我的觀點提供證據,還是來逐條分析。
          
           文章結果的第一和第二部分其實和文章的“蛇很可能是武漢冠狀病毒的宿主”觀點基本上沒有關系,這部分結果也沒有什么問題,所以不用討論。
          
           文章用來支持 “蛇很可能是武漢冠狀病毒的宿主” 觀點的證據是第三部分的結果。這個結果有很大的問題,甚至可以說不堪一擊。
          
           首先在方法上,作者分析各種動物所采用的密碼子的數量很不相同,有的動物用了幾千萬個,而有的動物只用了幾萬個。這樣的分析可能會導致偏差。
          
           就算是密碼子數量差異不是問題,這篇文章的結論依然不可能成立。
          
           的確,從理論上來說,病毒為了更好地在宿主細胞里生存,它用和宿主同樣的同義密碼子使用偏向會好一些。但這對病毒來說并不是必須的,而且這篇論文的結果已經證明了這一點。在文中的第三部分的結果里,作者同樣分析了蝙蝠的冠狀病毒。但結果卻表明蝙蝠的冠狀病毒在同義密碼子使用偏向上最相似的居然也是蛇,而不是蝙蝠。
          
           還有,假設作者把SARS和MERS病毒以及他們的中間宿主(果子貍和駱駝)也加進來做這個分析,一個可預測的結果是:SARS和MERS病毒在同義密碼子使用偏向上最為相似的同樣是蛇,而不是果子貍和駱駝。
          
           總之,這個同義密碼子使用偏向分析并不適合用來研究冠狀病毒的宿主,所以作者的結論也就大有問題。
          
          
           【如何確定新型冠狀病毒的宿主】
          
           上面我提到,這篇論文所提供的證據病不能支持 “武漢新型冠狀病毒很可能是從蛇傳到人” 的結論。但不是說我就完全排除了蛇是中間宿主的可能性,那么如果有人依然認為蛇就是這個病毒的中間宿主,需要提供什么樣的證據呢?
          
           首先,需要證明蛇身上有這種病毒。
          
           其次,需要證明這種病毒能夠在蛇體內生長繁殖。
          
           最后,需要證明從蛇身上提出來的病毒有致病性(比如用猴子做測驗)。
          
           遺憾的是,該文的作者沒有去做任何一點,僅憑一些簡單的生物信息學分析就得出 “武漢新型冠狀病毒很可能是蛇傳給人” 的結論。同樣遺憾的是,《醫(yī)學病毒學雜志》居然發(fā)表了這樣一篇存在漏洞的論文。
          
           的確,在一些急性傳染病流行的時候,科學家需要盡快公布自己的研究成果,科學雜志也應該盡快去發(fā)表學術論文。但這一切都應該在保存科學嚴謹的條件下進行,否則帶來的將是負面效果。
          
           就拿這篇研究論文來說,它會給公眾一個 “蛇很可能就是傳染源” 誤導,這就會讓人們忽略真正的傳染源。
          
           最后,也是更重要的,這樣的研究會影響公眾對科學界的信任。
          
          
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           《向八名“謠言”發(fā)布者致敬》半天10萬+怎么看?
          
           科學解釋:越是無知的人為什么越自信?
          
           戈恩“捉放曹”從棋手變棋子 背后的大國產業(yè)博弈
      2020/1/26 11:37:00
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         牛人
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      2  
      這么搞科研,比謠言更可怕
           1、所謂科學家,能不能不要蹭熱點~發(fā)這種滿是“可能”模棱兩可的所謂“論文”?
           尤其是社會影響大的事件,結論一定要嚴謹求證啊。
           前天有個頂級專家說“本次肺炎不易感染兒童”,結果第二天就被事實打臉。
           基本情況都還不清楚呢,就發(fā)表各種斷言、誤導大眾~~
           “病毒源于武漢華南海鮮市場”:有嚴謹且充分的科學依據嗎?是哪個攤位、什么動物、誰吃的?別的市場沒有、是全球獨家供應?
           按說吃蝙蝠這事,早在別國就有,不是武漢的特色、甚至武漢市場壓根沒有人吃。
           華南海鮮市場,或許只是來了一個超級傳播者,而不一定是起源地
          
          
           2、我們老百姓科學素養(yǎng)普遍偏低(包括科研工作者,科學素養(yǎng)也普遍偏低:談談全民科學素養(yǎng)報告)不會去理性分析一篇粗糙的論文,很多人~包括很多官員~可能連論文是什么概念都不清楚,他們只會要一個結論“蛇是病毒來源”……沒法聊了。
          
           3、鼠年,讓蛇背鍋……
          
           4、感覺論文作者們太急了,這些研究只能算是前期方向,提出了一個假設與結論還不沾邊。這么搞科研,比謠言更可怕!
      2020/1/26 13:00:55
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      3  
      新型冠狀病毒2018年就發(fā)現了?并非同一種
           
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           【新型冠狀病毒2018年就發(fā)現了?專家:當時發(fā)現的和此次發(fā)現的并非同一種】
           2018年4月5號,央視等多家媒體曾報道“科學家發(fā)現新型冠狀病毒”。
           此次武漢發(fā)現的新型冠狀病毒2019-nCov,與2018年報道出來感染豬的新型冠狀病毒,在分類學上不是一個種。
          
          
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           之前就有網民講:中國甚至世界最好的病毒實驗室在武漢,且病毒來源貌似就在實驗室周圍,他們這個級別的最牛科研機構1個月還不能發(fā)現這個問題的傳播?怎么解釋,疑問。
          
          
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      2020/1/26 13:31:14
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      4  
      建議國家:對農貿市場的衛(wèi)生及下水道做行業(yè)標準
           據中國疾控中心消息,在病毒溯源研究中取得階段性進展。首次從武漢華南海鮮市場的585份環(huán)境樣本中,檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸,并成功在陽性環(huán)境標本中分離病毒,提示該病毒來源于華南海鮮市場銷售的野生動物。 ​
          
           武漢肺炎始發(fā)地華南海鮮市場照片曝光,觸目驚心:
          
          
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           類似武漢新型冠狀病毒的事件不是第一次也不會是最后一次。
          
           建議國務院出臺文件:對全國規(guī)模以上農貿市場的衛(wèi)生及下水道做出行業(yè)標準和科學規(guī)定。當前全國縣市100%的農貿市場都是污水橫流~臭氣熏天。尤其是水產、禽類、肉類、海鮮攤檔,殘渣淤積在下水道發(fā)出惡臭。是治病大隱患。
          
           農貿市場的衛(wèi)生及下水道,應該予以“消防通道”相同級別!
          
          
           記者探訪華南海鮮市場:味道刺鼻、動物內臟隨地拋棄!
           2019年12月31日,在武漢通報出現27例新冠肺炎病例當天,@新京報 記者曾探訪華南海鮮市場。記者發(fā)現 ,野生動物交易區(qū)衛(wèi)生糟糕,惡臭彌漫,動物尸體以及內臟隨意丟棄。當時,經營戶對疫情并不擔憂,認為入院患者只是患上了流感。
      2020/1/27 15:45:15
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      冠狀病毒de歷史記錄(第7種冠狀病毒)
           1937年,冠狀病毒(Coronaviruses)首先從雞身上分離出來。
          
           1965年,分離出第一株人的冠狀病毒。由于在電子顯微鏡下可觀察到其外膜上有明顯的棒狀粒子突起,使其形態(tài)看上去像中世紀歐洲帝王的皇冠,因此命名為“冠狀病毒”。
          
           1975年,病毒命名委員會正式命名了冠狀病毒科。根據病毒的血清學特點和核苷酸序列的差異,冠狀病毒科分為冠狀病毒和環(huán)曲病毒兩個屬。冠狀病毒科的代表株為禽傳染性支氣管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus,IBV)。
          
           2002年冬到2003年春肆虐全球的嚴重急性呼吸綜合征(Severe Acute Respiratory Syndrome,SARS,傳染性非典型肺炎)就是冠狀病毒科冠狀病毒屬中的一種。
          
           2012年9月,新型冠狀病毒在沙特被發(fā)現,因與非典病毒同屬冠狀病毒而得名,目前尚未找到醫(yī)治該病的有效辦法。不過沙特衛(wèi)生部網站上提供了預防該疾病的措施,分別為勤洗手,常開窗,避免用手直接接觸眼睛、鼻子和嘴巴,盡量減少前往人群聚集區(qū)域等等。2012年9月27日,世界衛(wèi)生組織(WHO)26日向194個成員國發(fā)出新型冠狀病毒防御指南,并呼吁全球衛(wèi)生機構人員上報所有赴沙特或卡塔爾旅行,并患有急性呼吸道感染的病例。
          
           2014年,香港衛(wèi)生專家排除了它與甲型流感和乙型流感病毒有關的可能性,與1997年出現的H5N1禽流感病毒也沒有聯系。
          
           2020年1月20日,國家衛(wèi)健委高級別專家組成員高福院士表示,2019新型冠狀病毒是目前已知的第7種冠狀病毒。
      2020/1/27 18:40:07
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         牛人
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      6  
      春節(jié)全民靜下來,開始做深度思考
           中國人的新年往往是熱鬧非凡,爆竹震天響,走街串巷互相拜年,卻遺忘了拜訪自己的心,與自己做一次對談,沉淀下來仔細看看自己的人生,審視一下自己過往的種種,真的是喜樂平和的嗎,或者還有很多舊有習慣可以改進、改善。
          
           病毒疫情在春節(jié)前的突然爆發(fā),并不是偶然事件,這是大自然給我們每一位中國人敲了一記警鐘。
           全民族靜下來,是一個國家開始進入深度思考的啟示。
          
           現在中國人的疾病,一半是污染造成的,一半是吃出來的。
          
           這個春節(jié),我們都戴著口罩,我們都靜坐在家中,這是全民族的一次契機,一個扭轉大局的契機!
          
           每個人都請仔仔細細的看一看自己的人生,審視自己的生活方式,審視自己的飲食習慣,審視自己對萬物生命的態(tài)度。
          
           病毒要依托生命的載體,它的爆發(fā)從某個角度看,是為了重新平衡集體意識創(chuàng)造出的物質世界。
          
           當每一位中國人開始凈化自己的思想,清理我們的傳統(tǒng)認知,審視自己的問題并改善,當我們所有人一起集體轉念,意識到“吃野味”的野蠻,和命運共同體,人類也僅僅只是生命的一種載體。
          
           我們宰殺別種生命體,僅僅為了滿足自己的口腹之欲;我們破壞自己的家園生態(tài),只為增加物欲。我們是需要自然并賴以生存的物種,我們與萬物真正是連接一體的。
          
           世界不需要人類拯救,我們需要拯救的是自己。
           這是大自然給予我們的警鐘,也是大自然給我們上的一課。
          
           我們每一個人只有凈化自己的意識與認知,才會真正地幫助到疫情發(fā)展,保護好自己的家園。
          
           當我們每個人都開始意識到這些問題,內在開始充滿慈悲與理解時,行為就會改變,病毒也會慢慢自動的銷聲匿跡……
          
          
           推薦:疫情之下,做點防騙“獨立思考”不要烏合之眾的恐慌與狂歡!
          
      2020/1/30 18:27:04
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